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Los genes de referencia sirven como punto de base para comparar distintas muestras. En ocasiones, se les denomina genes de control interno y se caracterizan por tener una expresión génica de la que se espera que no varíe de manera significativa entre las diferentes pruebas que se harán. Generalmente, se usan con la técnica de PCR.
Su utilidad radica en que ofrecen una forma de normalizar esos datos que se obtienen de la expresión génica entre distintas pruebas que se pueden realizar en un entorno experimental. Esto reduce las variabilidades que pueden presentarse y repercutir negativamente en los resultados: calidad de la muestra, cantidad de ARN, eficiencia de la reacción de la técnica de PCR, entre otros.
Algunos ejemplos de genes de referencia son la beta-actina, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa o ribosomal ARN 18S. Sin embargo, no se eligen al azar, sino que la decisión de emplear unos u otros será determinante para obtener una medición precisa de la expresión génica con la que se esté experimentando.

Entre los genes de referencia destacamos los siguientes tipos:
Los genes de referencia tienen un importante peso tanto para la investigación genética como biomédica por todas las características expuestas. La normalización de la expresión génica y la reducción de la variabilidad contribuye a mejorar la precisión de los datos para la obtención de unos resultados validados y confiables.
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